色萨利大学所设院系有农业、农作物和动物繁殖系、体育教育和体育科学系、早期学校教育系、幼儿园教育系、计划与乡村发展系、特殊学校教育系、历史、考古系、民用工程系、兽医学系、牙科医学系、数学和信息学系、经济学系、乡村环境和自然资源管理系、博物馆学系、易学生物化学系、农业、动物繁殖和海洋环境系、生物化学和生物技术系、机械和工业工程系、建筑系、计算机工程、通讯和网络管理系、特殊教育系等。